감사원이 사드(THAAD·고고도미사일방어체계) 배치가 지연된 원인으로 꼽은 환경영향평가는 정권을 세 번 거치고 나서야 절차가 끝났다. 2017년 4월 박근혜 정부는 ‘소규모 환경평가’로 계획을 잡았고, 문재인 정부는 '일반 환경평가'로 기간을 늘렸다. 이어 윤석열 정부에서 평가를 마치기까지 7년 넘게 걸렸다. 논란의 핵심은 문재인 정부 5년 동안 왜 환경영향평가를 마무리하지 못했느냐는 것이다. 이 과정에서 '윗선' 개입 의혹이 불거졌다.
감사를 청구한 측은 2019년 12월 문 전 대통령의 중국 방문을 앞두고, 정부가 환경평가를 의도적으로 지연시켰다고 주장했다. 실제 환경평가협의회 구성이 늦어지면서 사드 배치도 덩달아 미뤄질 수밖에 없었다. 박근혜 정부는 경북 성주군에 사드를 임시 배치하면서 일종의 약식 절차인 소규모 환경평가를 실시하기로 했으나 문재인 정부는 출범 직후인 2017년 7월 일반 환경평가로 전환했다.
통상 소규모 환경평가는 6개월 정도 걸린다. 반면 일반 환경평가는 1년 이상 소요된다. 초안·본안을 별도로 작성해야 하고, 평가항목 수가 늘어나기 때문이다. 가장 큰 차이점은 주민대표와 시민단체 등 민간전문가를 포함한 환경평가협의회 구성이다. 2019년 2월 미국이 환경평가를 받기 위해 사업계획서를 우리 정부에 제출했지만 민간전문가 참여가 차일피일 미뤄지면서 관련 절차가 통째로 늦어졌다. 반면 윤석열 정부 출범 이후 협의회 구성은 속전속결로 진행됐다. 2022년 8월 성주군민까지 포함한 협의회가 구성돼, 약 10개월 만인 지난해 6월 평가 절차를 끝냈다.
지난해 7월 신원식 국민의힘 의원(현 국가안보실장)은 사드 환경영향평가 평가협의회 구성과 관련, ‘계획된 VIP(대통령) 방중에 영향이 불가피하며 연내 추진이 제한된다’고 적힌 2019년 12월 3일 국가안보실 회의 결과 보고서를 공개했다. 감사원 감사 청구는 그 직후에 이뤄졌다. 청구인 측은 "(문재인 정부가) 환경평가 절차를 이행하려는 의지와 노력이 있었는지, 협의회 구성이 늦어지는 과정에서 정부 개입이 있었는지를 가려야 한다"고 촉구했다.