국방부가 '순직 해병' 사건과 관련, 현장지휘관 장교 2명에게만 범죄혐의가 인정된다고 판단했다. 해병대 사령관, 1사단장을 비롯해 상부 지휘부는 모두 책임소재에서 빠졌다. 당초 해병대 수사단은 범죄혐의자로 8명을 적시했는데, 국방부를 거치면서 2명으로 줄었다.
국방부 조사본부는 21일 사건기록을 중심으로 해병대 수사단의 조사를 재검토한 결과 '장화 높이까지만 입수가 가능하다'는 여단장의 지침을 위반해 허리까지 입수를 직접 지시한 2명의 범죄혐의가 인정된다고 판단했다고 밝혔다. 또 해병대 수사단이 현장통제간부의 지위에서 임무를 수행했다고 판단한 2명은 현장통제관의 업무상 지위와 그에 따른 주의의무가 있었다고 보기 어렵다고 판단했다. 수색활동과 관련한 지휘계선에 있거나 현장통제관으로 임무를 부여받은 4명은 문제가 식별되었으나 현재 기록만으로는 범죄 혐의 특정이 제한됐다고도 밝혔다.
국방부 조사본부는 직접적 범죄혐의가 있다고 판단되는 2명을 경찰에 이첩했으며 문제가 식별된 4명은 사건기록 일체와 함께 각각의 사실관계를 적시해 경찰에 송부, 필요한 조사가 진행되게 할 예정이라고 밝혔다. 또 현장에 있었던 중위·상사는 혐의자에서 제외했다. 이로써 해병대 수사단이 당초 조사에서 적시한 8명의 혐의자 중 2명만이 경찰에 이첩됐다.