윤석열 정부 초대 국정원장 후보자로 김규현 전 외교안보수석이 지명되자, 박주민 더불어민주당 의원이 "말문이 막힌다"며 그가 과거 세월호 보고 시각 조작 사건으로 피고발됐던 사실을 강조했다.
박 의원은 11일 사회관계망서비스(SNS) 페이스북 페이지에서 "국정원장에 김규현 전 (국가안보실) 차장 지명. 이분 세월호 보고 시각 조작 혐의로 인터폴 적색수배까지 내려져 인천공항에서 체포되었던 분입니다. 참 말문이 막힙니다"라고 남겼다.
김 후보자는 2014년 5월 김장수 국가안보실장이 세월호 참사 부실 대응에 책임을 지고 물러난 후 2개월간 안보실을 이끌었다. 그는 그해 7월 국회에서 열린 세월호 침몰사고 국정조사 특별위원회에 참석해 '박근혜 대통령이 오전 10시에 첫 보고를 받았고, 10시 15분 첫 지시를 내렸다'고 진술했다. 그러나 검찰 조사 결과 첫 보고는 세월호가 옆으로 기울어 전복된 뒤인 오전 10시 19~20분 사이에 이뤄졌던 것으로 확인됐다.
2018년 3월 검찰은 관련 혐의로 김기춘 전 대통령 비서실장, 김장수·김관진 전 국가안보실장 등을 재판에 넘겼다. 김 후보자는 당시 미국 도피 중이었고 검찰의 귀국 및 출석 요구를 거부하자 인터폴 적색수배 및 여권 무효화 조치가 내려졌다. 그해 7월 김 후보자는 입국 직후 인천국제공항에서 체포됐고 이틀 뒤 석방됐다.
한편 이 사건으로 기소된 김기춘 전 비서실장은 2020년 항소심에서 징역 1년에 집행유예 2년을, 김장수·김관진 전 실장은 무죄를 선고받았다. 김장수 전 실장은 그가 퇴임한 이후 허위 공문서가 작성돼 혐의가 인정되지 않고, 김관진 전 실장은 부임한 지 한 달도 안 된 상황이라 직권남용죄가 성립되지 않는다는 게 법원의 판단이다. 현재 대법원이 사건을 심리 중이다.
세월호 보고 조작사건의 수사 책임자는 당시 서울중앙지검장이었던 윤석열 대통령이었다. 그럼에도 윤 대통령이 김 후보자를 국정원장으로 발탁한 것은 국제적 안목을 갖춘 외교·안보 전문가를 앉히겠다는 의중이 강하게 반영된 것으로도 알려졌다.